Il est élève, comme nous venons de dire, de Philopon, et reconnu actuellement comme l’auteur du commentaire du 3e livre du De anima d’Aristote, qu’on attribuait avant à Philopon. Nombreux sont ses autres écrits parmi lesquels un traité astronomique et des commentaires à plusieurs écrits d’Aristote — de préférence aux écrits logiques —, d’Hippocrate et de Galien.
Stéphane fut appelé par l’empereur Héraclée à Constantinople et nommé maître oecuménique au Pandidactorion (Université), où il enseigna, — moins d’un siècle après la fermeture des écoles d’Athènes — Platon, Aristote, la géométrie, l’arithmétique, la musique et l’astronomie. L’école philosophique d’Alexandrie se laissa pénétrer par l’esprit chrétien ; elle laissa de côté les ontologies de Jamblique et limita de beaucoup le rôle de l’extase, en mettant au premier plan l’intérêt pour les sciences, surtout les mathématiques. L’important est que cette école en abandonnant l’ontologie de Jamblique rompit le lien exclusif entre la métaphysique et le paganisme et rendit ainsi possible la liaison du néoplatonisme et du christianisme.
S’il en est ainsi l’appel de Stéphane à Constantinople et son enseignement au Pandidactorion est d’un intérêt considérable. Par Stéphane, aussi bien que par Philopon, le platonisme d’Alexandrie, comprenant des éléments parmi les plus nobles de la culture hellénique, fusionne avec la tradition intellectuelle de Byzance. Pendant cette même époque le néoplatonisme se fraye une autre voie pour s’infiltrer dans le christianisme. Maxime le Confesseur, contemporain de Stéphane, commente les écrits du pseudo-Denys et se donne comme son admirateur zélé et disciple.