A filosofia negativa tem por tarefa analisar as estruturas dialéticas do pensamento.
O esforço de pensar adequadamente o ser conduz a três conceitos interligados, entendidos como três momentos dialeticamente relacionados no processo do ser.
O primeiro conceito é o de subjetividade pura, ponto ou identidade sem extensão e sem expressão objetiva.
O segundo conceito é o de objetividade pura plenamente atual, conteúdo ilimitado sem foco nem definição.
O terceiro conceito é o de unidade e interdependência dos dois primeiros, de modo que se possa compreender a estrutura do ser real como sujeito e objeto.
Esses três momentos são apresentados como potências do ser real descobertas pela dialética racional da filosofia negativa.
A correspondência é estabelecida com as três potências conflitantes situadas no polo da necessidade no ensaio, de modo que a filosofia negativa reencontra, no plano conceitual, a mesma articulação triádica.
Assim como no ensaio o polo da necessidade precisa ser subordinado à liberdade para que haja ser, a filosofia negativa conduz ao reconhecimento de que as potências conceituais são insuficientes para produzir por si mesmas o ser real.
A insuficiência das potências racionais exige outra potência além da razão, que conceda atualidade ao que a razão apenas estrutura, e essa potência superior é a vontade pura, isto é, a liberdade.
O procedimento da filosofia negativa avança por via indutiva na dialética dos conceitos até mostrar que a razão, insuficiente em si, é derrubada quanto à pretensão de fundamentar a existência.
A filosofia negativa funciona como prolegômeno de uma filosofia do ser efetivo, pois preserva as estruturas do pensamento e do ser, mas as qualifica como dependentes de algo superior, a vontade incondicionada.
A filosofia negativa não invalida a razão, mas delimita seu alcance, mostrando que a inteligibilidade estrutural não explica o fato da existência.