Mas se agora passamos da questão parisiense ao exame de Prologus generalis In Opus tripartitum, nos defrontamos com uma nova tese, que parece, sem mais, rejeitar a primeira. "O ser é Deus ". E não nos é possível seguir as diferentes etapas do processo especulativo através dos quais Eckhart amadurece esta nova doutrina metafísica que se converte numa aquisição definitiva nas obras posteriores à Quaestio e que, como veremos, é a causa de equívocos, incriminações e acusações. Identificando em Deus o esse e o intelligere, e concebendo o intelligere como incessante agir, Eckhart afirma decididamente, contra o voluntarismo dos franciscanos, a primazia do Espírito, da Inteligência e da Racionalidade. Os elementos volitivos implícitos na concepção ético-mística dos Reden desaparecem para ceder seu lugar a uma metafísica intelectualista que logo inspira também a visão moral. Mas na realidade o pensamento não pode eximir-se da fundamental categoria do ser: o ser é "o primeiro conhecido" e o objeto absoluto de nossa inteligência; na direção do ser uno, imutável e eterno, tende a vontade como ao seu inequívoco fim. Mas Eckhart, no seu esforço para conceber de algum modo a Deus, em absoluta oposição com o relativo e com o finito , chega até às mais exasperadas negações. No sermão alemão "Como estrela matutina" afirma: "Deus está tão alto acima do ser, como o mais sublime anjo está acima de uma mosca. E penso que é igualmente errado chamar a Deus um ser como definir pálido ou negro o sol ". Também o Aquinate se propunha a salvar a absoluta transcendência de Deus, mas queria assegurar ao mesmo tempo à razão humana a possibilidade de elevar-se a partir das coisas até Deus, para que a luz da revelação não ficasse isolada e suspensa no vazio , mas que fosse preparada pela própria evidência racional e por um autêntico saber metafísico. É conhecida sua doutrina da analogia : com ela Tomás se propunha por um lado a evitar o obstáculo do panteísmo e por outro salvar a continuidade lógica do relativo ao Absoluto: a univocidade dos atributos em Deus e nas criaturas teria levado à imanência, enquanto sua equivocidade teria feito de Deus um nome oco e insignificante "porque segundo isto as criaturas não poderiam conhecer nem demonstrar nada acerca de Deus; sempre se cairia na falácia do erro ". Também Eckhart recorre à distinção tomista e declara que "o ente ou ser e toda perfeição absolutamente geral — por exemplo o ser, o Uno , o verdadeiro, o bom, o ente, a justiça e coisas similares — se dizem de Deus e analogamente das criaturas". No entanto, apesar da analogia que sustenta aqui, termina afirmando a equivocidade, porque na comparação citada, o negro e o sol não têm de comum nem sequer o nome. Mas, para que ao negar em Deus o ser equívoco não pensemos que Deus é o não-ser em sentido absoluto, acrescenta: "se estabeleci que Deus não é um ser, senão que está acima do ser, não por isto lhe tirei o ser, senão que o enobreci e sublimei".
Se bem que a passagem da tese da primeira quaestio à proposição do Prólogo geral seja para o historiador algo obscuro e não totalmente justificável, por outro lado é legítimo e compreensível. Com efeito, depois de haver demonstrado que Deus é Espírito criador e que, como tal, está acima do ser, visto que o ser é realidade múltipla e determinada, era natural que Eckhart chegasse a inverter de algum modo sua posição inicial e afirmar que somente Deus é o ser. Não caía por isto numa contradição inexplicável, senão que consolidava ontologicamente a tese parisiense. A proposição Esse est Deus não nega a outra Deus est intelligere, mas a confirma. E por outro lado a tese Esse Est Deus não necessita de ulterior explicação, pois já se superou o caráter abstrato do termo esse. E as razões se compreendem pelo desenvolvimento das argumentações do Mestre.
Com efeito, se o ser fosse outra coisa que não Deus, Deus não existiria e não seria Deus. Deus e o ser são então uma mesma coisa, porque senão Deus receberia seu ser de algum outro. Ademais, o que é, recebe do ser ou por causa dó ser o que chega a ser ou é. Por conseguinte, se o ser fosse diferente de Deus as coisas teriam seu ser desse ser mas não de Deus. E ainda mais, antes do ser é o nada ; por conseguinte, quem outorga o ser cria, visto que criar é dar o ser a partir do nada. E, portanto, evidente que todas as coisas recebem seu ser do mesmo ser, como todas as coisas são brancas pela brancura. Mas se o Ser fosse diferente de Deus, o criador seria distinto de Deus e as coisas poderiam ser sem Deus. E finalmente, visto que fora e antes está o nada, se o ser fosse distinto de Deus, Deus seria o nada ou derivaria de uma realidade distinta de si mesmo e anterior , e esta seria Deus para o próprio Deus e Deus de todas as coisas. Deus é a plenitude do ser, o "mar da infinita substância", não este e aquele ser determinado. O que a primeira quaestio dizia do ser deve predicar-se de entes particulares e o que afirmava do Intelligere divino mais alto que o ente, deve repetir-se agora para o ser divino, uno e infinito .